圖片來源：監督施政聯盟。
記者｜陳怡潔 編輯｜陳信安
沙崙農場為臺灣西部碩果僅存的大面積完整農地，包括草鴞在內，曾觀測到約35種保育類動物在此棲息或活動，台南社區大學環境行動小組更指出，夜間觀察時約有九成機率可見草鴞出沒。然而，「南科第四期沙崙生態科學園區」規劃在此地建設，相關開發案恐衝擊當地生態，引發關注。
4月7日，內政部國土計畫審議會（國審會）召開第47次大會，審查台南市國土功能分區圖草案。台南市政府原規劃於會中提案，因應行政院於2025年12月30日核定通過「南部科學園區沙崙生態科學園區籌設計畫」，擬將「沙崙農場」周邊共1028.33公頃土地，從「農業發展地區第2類（農發2）」變更為「城鄉發展地區第2類之3（城鄉2-3）」。
不過，與2025年12月曾送交內政部國審會專案小組審議過的國土功能分區圖草案相比，此次有935.85公頃擬變更國土功能分區的土地為新增劃設，包含「南科沙崙生態園區」（南沙崙）與「支援產業發展需求地區」（北沙崙）。
與曾經送交國審會專案小組審議的國土功能分區示意圖相比，沙崙農場中總計有935.85公頃擬變更國土功能分區的土地是此次國審會第47次大會中的新增提案。圖片來源：監督施政聯盟、加註：窩窩。
監督施政聯盟、看守台灣協會等多個民間團體於審議會前發起抗議，直批台南市政府此舉為「突襲闖關」，指出行政院雖核定沙崙生態科學園區為重大建設計畫，但此舉僅代表國家有在此地開發的發展意向，並不表示認可開發的合法性與可行性；因此，台南市政府應待環評審查通過以及取得開發許可後，再申請國土分區變更，也呼籲國審會委員拒審或駁回該提案。
台南市政府則於審議會前夕表示，為展現對生態保育的重視，將在國審會中撤回南北沙崙兩區新增的「國土分區變更提案」，並表示未來將待南部科學園區開發主管機關國家科學及技術委員會擬定開發計畫後，再重新檢討沙崙農場周邊土地的國土分區。
台南市政府也強調此舉並非強行闖關，即使南北沙崙兩區之國土功能分區調整為城鄉2-3，後續仍須踐行二階環評及開發許可審議程序方可開發，也說明此次提案原委為當地產業發展團體多次向市府陳情。
不過，於2025年12月即提報的92.48公頃土地，含沙崙健康園區（84.49公頃）及太空中心7.99公頃），已於本次國審會中通過國土分區變更，由農發2調整為城鄉2-3。另外，南部科學園區沙崙生態科學園區的環境影響評估說明書也預計將於4月中旬送件。
沙崙農場周邊開發計畫及國土功能分區審議狀況。資料整理：窩窩。
南北沙崙兩區國土分區定位變更撤案，是否影響沙崙科學園區開發進程？
國土署國土計畫組組長廖文弘向窩窩記者說明，目前正處於舊制《區域計畫法》銜接新制《國土計畫法》的過渡階段。
在《區域計畫法》下，非屬第一級環境敏感地區的土地，包括農業發展地區第2類（農發2），皆可提出開發申請，只要獲得許可及通過環境影響評估後，即可開發；但待《國土計畫法》正式上路後，農發地便不可再申請開發，須待每五年一次的通盤檢討，才有機會重新調整其國土功能分區。
也就是說，若《國土計畫法》全面上路時，南北沙崙兩區之國土功能分區仍維持農發地，當地開發計畫便須暫緩，待完成國土功能分區變更後才可持續推進；而若在《國土計畫法》全面施行前，先行完成環境影響評估及取得開發許可，當地開發計畫便可續行。
區域計畫法及國土計畫法規範下之農發地開發程序差異。資料整理：窩窩。
至於《國土計畫法》何時會全面上路？廖文弘表示，目前法規已經完備，但仍須待各縣市的國土功能分區圖核定、公吿後，《國土計畫法》才會正式取代《區域計畫法》。
監督施政聯盟則於4月8日表示，台南市政府撤案之舉只是暫緩沙崙農場周遭部分土地之國土分區定位變更，但事實上開發程序仍持續推進，批評行政院及台南市政府明知沙崙農場是南台灣指標性的生態敏感區域，卻始終未正視科學園區選址不當，直呼：
沙崙草鴞的危機並未解除！
看守台灣協會秘書長謝和霖指出，根據台灣生物多樣性網絡（TBN）與iNaturalist等線上資料庫，沙崙農場曾紀錄之活動過的物種達360種，其中包含35種保育類動物、3種受脅動物及4種受脅植物，顯示該區生態資源豐富，開發選址時應優先迴避，他更援引國土計畫法第23條，指出沙崙農場應維持農用、不應變更，科學園區的用地需求則應利用既有的城鄉發展用地：「不能因為交通便利、土地取得容易，就來染指這樣的生態重地。」
*註：國土計畫法第23條：「國土保育地區以外之其他國土功能分區，如有符合國土保育地區之劃設原則（具豐富資源、重要生態、珍貴景觀或易致災條件）者，除應依據各該國土功能分區之使用原則進行管制外，並應按其資源、生態、景觀或災害特性及程度，予以禁止或限制使用。」
「我們的政府為了消毒，不斷告訴大眾說，已經保留了40、50、60公頃的草鴞棲地。」監督施政聯盟國土保育組組長暨苗栗縣環境保護協會理事長陳祺忠則強調，沙崙農場週邊的開發案若施行，將毀壞逾千頃草鴞重要棲地，與號稱遭到「保護」的棲地面積不成比例：「為什麼要把草鴞的核心棲地破壞來做科學園區，而不是（優先）用高鐵特定區已經重劃好的土地？」
環團主張沙崙科學園區應重新選址，台南市政府則表示，目前公私部門已建立良好的「生態保育協作平台」，將共同落實「生態保育完整連貫」的目標。
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